II類(lèi)生物安全柜（BSC）使用HEPA過(guò)濾，層流氣流，以操作者，環(huán)境和樣品的保護(hù)。出于無(wú)菌的目的，對(duì)于0.3微米大小的顆粒，HEPA過(guò)濾器的效率通常為99.99 +％。

典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來(lái)消毒和/或減少交叉污染; 但是，由于以下幾個(gè)原因，不建議在BSC內(nèi)使用這種明火：

II類(lèi)BSC 通過(guò)在機(jī)柜的工作區(qū)域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進(jìn)的空氣，沒(méi)有湍流）來(lái)維持樣品保護(hù)。熱空氣上升，因此任何明火都會(huì)使空氣上升到層流下降，產(chǎn)生湍流并阻礙BSC保護(hù)工作區(qū)域樣品的能力。

如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過(guò)濾介質(zhì)保持在其框架上。這破壞了HEPA過(guò)濾器的有效性，導(dǎo)致正壓通風(fēng)系統(tǒng)中的安全殼損失。

如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開(kāi)，則可燃?xì)怏w將不受限制地引入機(jī)柜。在A2生物安全柜中，BSC中70％的空氣被再循環(huán)（見(jiàn)下面的視頻），可燃?xì)怏w的濃度可能達(dá)到性潛力，不僅對(duì)BSC，而且對(duì)用戶和實(shí)驗(yàn)室構(gòu)成嚴(yán)重風(fēng)險(xiǎn)它占據(jù)了。

美國(guó)疾病控制和預(yù)防中心（CDC）和國(guó)家衛(wèi)生院（NIH）也在出版物中闡述了這一點(diǎn)：微生物和生物醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室的生物安全，第5版。，（BMBL 5th）。

在BSC中工作時(shí)，可以采取一些措施來(lái)減少材料交叉污染的可能性。打開(kāi)的管子或瓶子不應(yīng)垂直放置。使用培養(yǎng)皿和組織培養(yǎng)板的人員應(yīng)將蓋子保持在開(kāi)放的無(wú)菌表面上方，以大限度地減少向下空氣的直接沖擊。不應(yīng)將瓶蓋或管帽放在毛巾上。物品應(yīng)盡快重新蓋上或蓋好。 在生物安全柜的近乎無(wú)微生物的環(huán)境中不需要明火。在開(kāi)放式工作臺(tái)上，燃燒培養(yǎng)容器的頸部將產(chǎn)生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，BSC中的明火產(chǎn)生湍流，破壞了供應(yīng)到工作表面的HEPA過(guò)濾空氣的模式。當(dāng)認(rèn)為必要時(shí)，可以使用配備有指示燈以按需火焰的觸摸板微型燃燒器。工作完成后必須關(guān)閉燃燒器。小型電動(dòng)“爐”可用于凈化細(xì)菌環(huán)和針，并且優(yōu)于BSC內(nèi)的明火。應(yīng)盡可能使用一次性或可回收的無(wú)菌環(huán)。

如上面CDC所述，如果認(rèn)為需要火焰，那么廣泛使用的設(shè)備類(lèi)型是本生燈的更安全的品。其中一些采用低調(diào)的踏板減弱火焰; 其他人檢測(cè)運(yùn)動(dòng)。